文部科学省が2020年6月16日に改定した「学校における新型コロナウイルス感染症に関する衛生管理マニュアル」では、新型コロナウイルス感染症とともに生きていく社会を作るためには、感染リスクはゼロにならないということを受け入れつつ、感染レベルを可能な限り低減させながら学校教育活動を継続していくことが重要だとしている。
もし第2波・第3波が生じた場合、府立学校は「分散登校」と「オンライン授業」の組み合わせにより対応。小中学校は、各市町村が国の示した「地域の感染レベル」を判断し、レベルに沿って学校の行動を決定し、府は判断に必要な内容を支援していく。ただし、府域での感染爆発や児童・生徒のクラスターの頻発など、深刻な状況になった場合、府として、一斉臨時休業の是非を判断する。
子どもの安全確保の観点から、学校における感染予防策を徹底しつつ、学校教育活動の持続性を確保することが、保護者の安心にもつながるという。
なお、児童生徒や教職員に感染者が確認された場合、当該学校を臨時休校とし、保健所の指示や助言を踏まえ、学校における感染症拡大防止に必要な対策や学校運営上の体制整備を行うために必要な期間と範囲を臨時休校とする。