インフルエンザは、厚生労働省・感染症サーベランス事業により、全国約5,000か所の定点医療機関を受診した患者数が週ごとに把握されている。2020年第2週（1月6日～12日）の定点あたり患者報告数は18.33人、患者報告数は9万811人。第1週（2019年12月30日～2020年1月5日）の定点あたり13.93人、患者報告数6万4,553人より増加した。
定点医療機関からの報告をもとに、定点以外を含む全国の医療機関をこの1週間に受診した患者数を推計すると約78.5万人（95％信頼区間74.9～82.2万人）となり、前週の推計値（約45.7万人）より増加した。年齢別別では、「0～4歳」約9.1万人、「5～9歳」約9.4万人、「10～14歳」約6.0万人、「15～19歳」約4.2万人、「20代」約7.4万人、「30代」約9.4万人、「40代」約12.4万人、「50代」約9.3万人、「60代」約6.1万人、「70代以上」約5.3万人。
全国で警報レベルを超えている保健所地域は、43都道府県の138か所、注意報レベルを超えている保健所地域は46都道府県の350か所にのぼる。基幹定点からのインフルエンザ患者の入院報告数は1,651例あり、前週の1,404例から増加した。
国内のインフルエンザウイルスの検出状況を直近の5週間（2019年第50週～2020年第2週）でみると、「AH1pdm09」が95％を占め、「B型」3％「AH3亜型」2％であった。
全国の保育所、幼稚園、小学校、中学校、高校の休業施設数は、休校が5施設、学年閉鎖が22施設、学級閉鎖が71施設だった。
